支持下，陆羽和诸葛亮重新调整了机构，在中央仍然设三省，即尚书省、中书省、门下省，长官分别是尚书令、中书令和御史令，由诸葛亮、陆羽和庞统担任。尚书令掌管政令起革、官史的功绩考核以及外交和教育方面的事情。中书令则掌管政令的实施、国库的预算和结算、工商业和农业的发展以及道路水利的兴修事宜，门下省掌管政令的审核、情报的搜集和筛选、军队的调动以及各郡县刑事案件的审案。如此繁重的工作自不可能光由三人来担任，除了一些办事的侍从，三省还各有个人副手，称为尚书左史、尚书右史，中书左史、中书右史，门下左史、门下右史。

    经过仔细考虑，最後陆羽和诸葛亮决定了”六史”的人选。”尚书左史”掌管官吏功绩考核，由简雍担任。管雍乃刘备同乡，自平原便随刘备一路南征北伐，平素少言寡语，但做事却一丝不苟，为人正直忠诚。由他掌管官吏的功绩考核，刘备自然安心；”尚书右史”掌管外交事宜。令刘备军众人大跌眼镜的是，陆羽力排众议推荐了蜀中一无名小史邓芝，陆羽可是知道邓芝辨才无碍，历史上蜀国之所以能劝回吴国这个同盟可都是他的功劳；”中书左史”负责府库钱粮和商业的发展。这个最合适的人选自然是马良，历史上蜀国的经济可都是他一手搞上去的；”中书右史”负责国家的大工程和工、农业发展。这个部门(手机站.)由诸葛亮掌管，最後诸葛亮推荐了陈群，虽然诸葛亮和陈群一直私交不错，陆羽还是基本认可的，陈群的内政能力，在刘备军中绝对排在前五位，由他担任此职，自然无话可说；”门下左史”负责情报的搜集和筛选，以及军略的制定，庞统自然任命了陈登那个与他臭味相投的家伙，不过陈登那天生的情报分析才能然让别人无话可说，难怪这家伙历史上被曹操称为”五洲四海之士”，确实是有点本事的；”门下右史”负责刑事案件的审察和对官员的弹劾，王累生性刚直不阿，历史上刘备入蜀，王累拼死劝谏，最後血染城楼，後人有诗叹曰∶”倒挂城门捧谏章，拚将一死报刘璋。黄权折齿终降备，矢节何如王累刚！”刘璋列终投降刘备後，王累便辞官而去，还是刘备亲自骑马追出两百里才把他请回来，由他监督众人自是不敢放肆了。

    中央的主要机构是三省，而六部则建在了州一级上。

    陆羽确实实施了他军政分离的思想，规定每一州的政事由州刺史掌管，军务则由镇军将军掌管，二者互不统属，在二人之下，就是六部，其中工部、户部、礼部归州刺史管辖，兵部、刑部归镇军将军管辖，至於吏部则直接受中央管辖，这样州刺史有钱没兵，镇军将军有兵没钱，而官吏任命、审察又掌握在吏部手中，三权分立，互相制约，也就避免了诸侯割据局面的出现。

    荆州乃刘备军根基，州刺史由徐庶担任，镇军将军则是赵云，以二人的才华和性格自能配合无间，让敌无隙可乘。

    其下六部，工部由伊藉掌管，伊藉乃刘表同乡，久居荆州，近年长江水患日重，尤其是江陵一带，所以负修水利的工部任务繁重，交给熟悉荆州情况的伊藉自然可以放心；

    荆州经过刘备、陆羽多年发展，此时已是天下第一大富邑，荆州户部掌管荆州钱粮，自然需得力又可靠之人，糜竺从徐州起便跟随刘备，忠心自不用说，而且他家财万贯，自然不会打荆州府库的主意，而且他还是陆羽的大舅哥，由他担任荆州户部主管，众人虽然眼红，但也不敢说什麽；

    礼部掌管教育之事，此时荆州已经有十多所书院，几乎成了天下文化汇集之地，这一块历来由蒯越负责，而且蒯越乃荆州旧人，德高望重，蒯家在荆州又根深蒂固，陆羽也不想轻易得罪蒯家；

    刑部关系到百姓民生，自古百姓揭竿而起，多是因为贪官污吏审案不公，以至於造成冤案，因此刑部责任不可谓不重，最终徐庶推荐了向朗，向朗为人方正，铁面无私，正是最好人选；

    荆州几乎时刻处於曹操大军的威胁之下，兵部的责任之重自不用说，蒯家二杰，蒯越长於政事，蒯良长於军略，由他转佐赵云，凭借蒯家在荆州的巨大能量自是多了许多便利；

    最後是吏部，在陆羽的心目中，吏部就相当於现代的纪委监察部，是监督官吏，防止贪污的最重要的一道门槛，若连这里也沦陷了话，那官吏之风可想而知，由於吏部归尚书省管辖，所以陆羽把荆州吏部总管的位置给了靡芳，这不能不说有一定私心在里面，但是与其让别人掌握，还不如放在一个绝对站在自已一边，而自已又能指挥的人的手里，起码陆羽可以了解到真实的情况；

    荆州之後是益州，益州初平，各种势力都在勾心斗角，刘备军新来，不得不借重於他们好掌握权力，不过陆羽还是尽力争取任用有用之才。

    益州史是张松，张松乃是蜀人，又有迎刘备入蜀之功，可以说是原刘备军众人与蜀中官吏之间唯一一个两边都认同的人，何况凭藉张松的手段，相信益州的那些门阀也掀不起太大的风浪，益州镇军将军是关羽，是刘备直接任命的，陆羽和诸葛亮自然不会违背刘备的意思，以後益州恐怕就是刘备军的大後方，刘备此举何意，

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